La técnica HPV-DeepSeek, basada en secuenciación del genoma completo del virus del papiloma humano (VPH) y aprendizaje automático, logró identificar ADN tumoral circulante con una sensibilidad del 96 % y una especificidad del 100 %.
Por: Laura Guio
A pesar de décadas de investigación, no existían hasta ahora pruebas de detección temprana para el carcinoma escamoso orofaríngeo asociado al virus del papiloma humano (VPH).
Este tipo de cáncer, vinculado a infecciones persistentes por VPH, suele diagnosticarse en etapas avanzadas debido a la ausencia de síntomas tempranos y de herramientas diagnósticas sensibles.
Un grupo de investigadores del Brigham and Women’s Hospital y el Mass General desarrolló un nuevo análisis de biopsia líquida de secuenciación del genoma completo del VPH, denominado HPV-DeepSeek, con resultados prometedores para la detección precoz del cáncer orofaríngeo.
Diseño del estudio
El equipo analizó muestras de plasma de 28 pacientes que posteriormente desarrollaron carcinoma epidermoide orofaríngeo VPH positivo, obtenidas entre 1,3 y 10,8 años antes del diagnóstico, junto con muestras de 28 personas sanas del mismo biobanco.
El ensayo HPV-DeepSeek se centró en 43 genotipos del VPH y evaluó múltiples parámetros, como la cobertura del genoma, los eventos de integración y la fragmentómica. Un resultado positivo se definió con un umbral de =10 lecturas únicas del VPH y =10 % de cobertura genómica.
En paralelo, las muestras fueron analizadas mediante reacción en cadena de la polimerasa digital en gotas (ddPCR) y pruebas serológicas, con el fin de comparar la eficacia de los métodos.
Resultados: Detección de ADN tumoral hasta 10,3 años antes del cáncer
Los resultados fueron contundentes. El ADN del VPH tumoral circulante fue identificado en 22 de las 28 muestras pre diagnósticas, alcanzando una sensibilidad del 79 % y una especificidad del 100 %, hasta 7,8 años antes del diagnóstico clínico.
El método superó ampliamente a la ddPCR, que alcanzó solo un 36 % de sensibilidad, y también mejoró los resultados frente a la serología del VPH.
Además, al incorporar un modelo de aprendizaje automático (modelo de Bayes sin tratamiento previo), la sensibilidad aumentó al 96 % y el periodo de detección temprana se amplió hasta los 10,3 años, marcando un hito en la detección del cáncer orofaríngeo asociado al VPH.
La inteligencia artificial como aliada del diagnóstico precoz
El análisis reveló que la cobertura del genoma del VPH fue el factor predictivo más influyente en la clasificación, mientras que las características fragmentómicas —como la longitud y la distribución de los fragmentos de ADN— aumentan la precisión del modelo.
En la mayoría de los casos (18 de 22), se confirmó la correspondencia genética entre el plasma prediagnóstico y el tejido tumoral, evidenciando la fiabilidad de la huella molecular vírica.
Según los autores, este hallazgo demuestra que es posible una detección temprana sensible y específica en sangre del carcinoma epidermoide orofaríngeo asociado al VPH, incluso una década antes de que se manifieste clínicamente.